農業綜合開發設計完整編制流程嚴格遵循《國家農業綜合開發資金和項目管理辦法》等法定要求，按前期準備→申報評審→初步設計→計劃審批→實施驗收5個階段推進，具體如下：

一、前期準備階段

規劃與項目庫建設：各級農發機構依據農業發展中長期規劃、國家農發政策，制定本地區總體規劃及階段性開發方案，建立土地治理、產業化經營兩類項目庫，入庫項目需達到項目建議書深度。項目建議書編制：項目申報單位編制項目建議書，土地治理類需包含開發必要性、范圍規模、治理措施、投資估算、效益預測、農民籌資投勞計劃等內容；產業化類需包含建設條件、市場分析、建設方案、財務評價等內容，經2/3以上農戶簽字同意或村民代表大會通過后，實地考察合格可存入項目庫。可行性研究報告編制：擬扶持項目需編制可行性研究報告，土地治理類需包含水土資源評價、建設方案、投資籌措、綜合效益等內容；產業化類需增加環境影響評價、農民增收效果評價等內容，由具備相應資質單位或專家編制。產業化項目可將項目建議書與可研報告合并編制。

二、申報評審階段

項目申報：申報單位在上年度申報下年度項目，提交項目申請及可研報告等材料，對材料真實性負責。土地治理項目需符合規劃、地塊集中連片、群眾積極性高等要求；產業化項目需符合產業政策、區域特色明顯、示范帶動性強等要求。評審與公示：省級或市級農發機構組織評審，對項目建設必要性、技術可行性、經濟合理性進行綜合評估，擇優確定擬扶持項目和資金數額，通過媒介向社會公示，公示期不少于7日（涉密內容除外）。

三、初步設計（實施方案）編制階段

編制要求：擬扶持項目確定后，實施單位組織編制初步設計，核心內容包括項目總體設計、主要建筑物設計、設備購置計劃、配套設施設計、工程概算、現狀圖與工程設計圖等。土地治理項目：需委托具備農業綜合開發生態工程乙級及以上、水利行業丙級及以上等資質的單位編制，縣級農發機構牽頭，聯合鄉鎮、村代表、設計人員實地勘測，設計初稿需征求群眾意見后修改完善。產業化項目：由實施單位自行審定后報縣級農發機構備案；無工程建設內容的項目，可用評審通過的可研報告或項目建議書替代。審批/備案：土地治理項目初步設計由省級或設區的市級農發機構審定；產業化項目報縣級農發機構備案。

四、年度實施計劃編制階段

地方各級農發機構根據初步設計審定/備案情況，編制、匯總年度項目實施計劃，包含投資任務匯總表、效益匯總表等內容，由省級農發機構批復后報國家農發辦備案，同步抄送財政部駐當地監察專員辦事處。

五、實施與驗收階段

項目實施：按年度實施計劃推進，土地治理項目嚴格執行招標投標、政府采購、工程監理、公示制；產業化項目由實施單位自行實施，實行資金和項目公示制，建設期一般為1-2年。竣工驗收：土地治理項目竣工后，實施單位檢查初步設計完成情況，編報竣工決算，由省級或設區的市級農發機構組織驗收。

流程簡化規則

財政資金投入較少的項目、貼息項目，可簡化設計程序。小型土地治理項目技術簡單的，經主管部門同意可在簡化初步設計后直接開展施工圖設計。