農業綜合開發設計的核心依據可分為法律法規政策、規劃標準、項目基礎條件、可持續與生態要求四大類，具體如下：

1. 國家級法律法規與核心政策文件
   以《中華人民共和國預算法》為上位法依據，嚴格遵循《國家農業綜合開發資金和項目管理辦法》（2016修訂版、2025沿用版）的要求，同時落實《國務院辦公廳轉發財政部關于加強農業綜合開發工作若干意見的通知》《農業綜合開發區域生態循環農業項目指引(2017-2020年)》等專項政策中關于建設任務、投入機制、扶持范圍的規定。
2. 規劃與行業標準體系
• 頂層規劃：需符合農業發展中長期規劃、國家農業綜合開發政策、區域水資源利用總體規劃、節水灌溉發展規劃、糧食生產核心區建設規劃、土地利用整體規劃等。
• 行業標準：執行《國家農業綜合開發土地治理項目建設標準》等專項標準，例如平原地區格田規模、農田防護林網控制率、人工造林成活率等均有明確量化要求。
3. 項目前期基礎材料與要求
• 項目儲備：需從符合要求的項目庫中擇優選擇，項目庫入庫需達到項目建議書標準，且經過2/3以上農戶簽字同意或村民代表大會通過。
• 可行性要求：基于具備相應資質單位編制的可行性研究報告，覆蓋水土資源評價、技術可行性、經濟合理性、籌資方案、效益預測等核心內容，且通過農發機構組織的專家評審。
4. 可持續發展與生態紅線要求
   遵循農業綜合開發“三類區域”開發管控要求：資源環境承載力強的區域重點開發，承載力有限區域保護性開發，生態脆弱區域限制開發；同時項目需符合生態環境保護和資源節約利用要求，生態循環類項目要求秸稈/糞便等循環利用率≥90%。
5. 地方配套規定
   需符合省級農發機構制定的本地區農業綜合開發具體政策、發展規劃，以及地方出臺的相關條例（如已廢止的《河南省農業綜合開發條例》）中關于項目管理、開發原則的要求。